Çeçe sineği adamı etkilediğinde, tükürük bezlerinde bulunan metaklik tripomastigotları transkütan yolla aşılar. Konakçıya girdikten sonra, parazitler lenfatik sisteme ve kan dolaşımdaki tripomastigotlara dönüşürler ve ikili bölünerek (hemolenfatik aşama) sürekli bir üreme aktivitesine başlarlar.
Parazitemi periyodiktir: enfekte olmuş organizma tarafından spesifik antikorların üretimi için aniden düşürüldüğü diğerleriyle alternatif olarak yüksek olduğu anlar. Bununla birlikte, bir grup parazit, yüzey glikoproteinlerini modifiye ederek, antikor tepkisini önleyebilir. Çarpma ve lizis döngüsü tekrarlanır.
Daha sonra enfeksiyon sırasında, tripanozomlar lenf bezlerini, dalağı, karaciğeri ve diğer birçok organı istila eder. Ölüm, merkezi sinir sisteminin ( meningo-ensefalitik evre ) dahil edilmesinden birkaç gün sonra ortaya çıkabilir.
Deviren bir sinek, enfekte olmuş bir insan veya hayvanın kanını aldığında döngü devam eder. Vektörde, protozoon, böceğin tükürük bezine geçmeden önce, bağırsakta çarpılır. Çeçe sineği, enfeksiyonu enfeksiyondan en az 20 ila 30 gün sonra geçirmişse, enfeksiyonu başka bir memeliye veya yeni bir sokma geçirerek insana bulaştırabilir.
