Japon ensefaliti, neredeyse tüm Asya'da ve Okyanusya'nın bazı bölgelerinde yaygındır. Enfeksiyon kazanma riski genellikle çoğu gezgin için sınırlıdır, ancak varış yeri, kalış süresi ve kalış süresince gerçekleştirilen faaliyetler dikkate alınmalıdır.
Risk altındaki alanlar çoğunlukla kırsal ve tarımsal alanlardır, özellikle de hastalığın endemik olduğu pirinç ekimine yönelik olanlar. Bununla birlikte, sivrisineklerin gelişmesine elverişli koşullar mevcutsa, kent merkezlerinde veya yakınında vakalar nadir değildir.
Güneydoğu Asya'da, virüslü sivrisineklerin ısırmasıyla hastalanma riski yıl boyunca mevcuttur ve muson yağmurlarında kurak mevsim başlangıcına kadar aksanlarla; Çin, Japonya ve Kore Yarımadası'nın ılıman bölgelerinde ise mayıs ve eylül ayları arasında bu oran daha yüksektir (taşıyıcıların en fazla faaliyet gösterdiği dönem). Endemik bölgelere seyahat ederken, aşı önerilebilir.
