Bugün bizim için açık görünse de açıktır, bin yıldan beri, erkek bazı hastalıklara neden olmanın mikroskobik organizmalar olduğunu göz ardı etmiştir.
1600 yılına kadar, bazı organizmaların kendiliğinden canlı olmayan maddeden üretebilecekleri sözde kendiliğinden nesil teorisi geçerli sayıldı. Klasik örnek, bir parçalanan et parçasındaki hiçbir şeyden üretilemediği düşünülen larva örneğidir.
Bu teoriyi geçersiz kılan ilk kişi, Toskana Büyük Dükünün kişisel doktoru Francesco Redi idi. Redi iki ayrı taze et parçasını iki ayrı kap içine koydu, birincisini açık bıraktı ve ikincisini bir retina ile sineklerden korudu. Birkaç gün sonra, sadece açık geminin larva ile süründüğünü fark etti. Bu nedenle Redi, larvaların sineklerin yumurtladığı yumurtalardan türetildiği ve hiçbir şeyden üretilmediğini gösterdi.
Mikroorganizmaların varlığı sadece ilk on sekizinci yüzyılda tıbbi literatürde "germ" terimini kullanan ve tanıtan Modena Lazzaro Spallanzani'nin çalışmaları sayesinde konuşmaya başladı. Bununla birlikte, bakterilerin keşfi, mikroskoplara düşkün bir doku tüccarı olan Antony Leeuwenhoek'e (1632-1723) atfedilir.
Leeuwenhoek, dişlerini fırçaladıktan sonra, tartar yataklarında "yaşayan hayvanlar" olduğunu gördü. Bu keşif, Leeuwenhoek’in kendisinin yaptığı ve daha sonra Hooke’un daha da geliştirdiği optik mikroskobun optimizasyonu ile mümkün oldu.
Bununla birlikte, modern mikroskobun ortaya çıkışı, kendiliğinden oluşum teorisi hakkında yeni sorular açtı. İlk gözlemlerden, aslında, bir organik maddenin havasına kısa sürede maruz kalmanın yüzeyinde mikrop oluşumuna yol açtığı görülüyordu.
Fransız biyolog Louis Pasteur, spontan jenerasyon mikropların hipotezini tamamen ispat etmek için müdahale etti. Pasteur, uzun boyunlu bir cam şişenin içinde suyu kaynattı, toz girişini (ve içinde bulunan bakterileri) önlemek için özel S şeklinde bir gaga ile donatıldı. Pasteur bu önlemler sayesinde et suyunda bakteri üremediğini ve bu nedenle de mikropların kendiliğinden üretilmediğini gözlemlemiştir.
