Gastrik içeriğin kuvvetli asitliği mideyi virüs ve bakteriler için özellikle düşmanca bir ortam haline getirir. Sadece bir tür, Helicobacter pylori kalıcı olarak hayatta kalabilir ve insan mide mukozasını kolonize edebilir. Gerisi için, alınan mikroorganizmaların çoğu birkaç dakika içinde hızla tahrip olur.
İn vitro yapılan birçok çalışma, geniş ve etkili bir bakteri öldürücü etki nedeniyle, pH'ın özellikle düşük olması gerektiğini göstermiştir. Spesifik olarak, 2.0 veya daha düşük bir pH genellikle tüm bakterileri öldürür; bununla birlikte, bu tür asitler midede sadece açlık koşullarında bulunurken, yemekten sonra yiyecek varlığı (bakterilerin mideye girdiği ana araç) pH'ı geçici olarak 4-5 değerlerine yükseltir.
Zaman faktörü de dikkate alınmalıdır, çünkü pH düştüğü için, tam bir bakterisidal etki elde etmek için daha az zaman gerekir ve bunun tersi de geçerlidir. Bununla birlikte, 3.5'in üzerindeki pH değerleri çok zayıf bir bakteri öldürücü etkiye sahipken, 4'ten büyük bir pH değeri boş bakteri yok edici etkiye sahiptir.
Son bilimsel kanıtlar, bakterisit aktivitesinin sadece gastrik asitlik ile değil aynı zamanda pepsin (protein sindiriminde yer alan proteolitik enzim) ile de belirlendiğini göstermektedir. Bazı antibiyotik aktiviteleri, mide suyunda bulunan defensinler ve laktoferrin gibi bazı enzimler tarafından da uygulanır.
Mikrobik cephesinde, çeşitli mikroorganizmaların, mide sularının bakterisit aktivitesine hayatta kalması, bazı besin bileşenleri ile bağlanma yoluyla tercih edilebilir; örneğin, salmonella virülansının kontamine proteinli gıdalarla (örn. yumurta veya et) beslenen kanala girdiğinde belirgin şekilde daha yüksek olduğu gösterilmiştir.
Açıkçası, mide pH'ını düşüren, antasit ilaçların veya proton pompa inhibitörlerinin kullanımı bile mide içindeki bakterilerin hayatta kalmasını teşvik eder. Ek olarak, bakteri yükü arttıkça (alınan bakteri sayısı), bazı mikroorganizmaların olasılığı da artmaktadır.
Toksinler ve sporlar sorunu da dikkate alınmalıdır. Toksinler bakteri veya bileşenleri tarafından üretilen, bakteri gastrik asit tarafından öldürüldüğünde bile zarar (besin zehirlenmesi) yaratabilecek maddelerdir. Sporlar, çevresel koşulların elverişsiz olduğu durumlarda bazı bakterilerin çekildiği sakin formlardır, ancak koşullar elverdiği anda tekrar aktif hale gelir; Clostridium difficile sporları, örneğin, mide asitliğini bozulmadan aşar ve sonra midede çimlenir.
Bakterilere kıyasla, virüslerin genellikle midenin asidik ortamında hayatta kalma olasılığı daha yüksektir. Şaşırtıcı olmayan bir şekilde, Norovirüs (Norwalk virüsü), Rotavirüs, Astrovirüs ve Adenovirüs'e ait virüsler genellikle bulaşıcı ishal formlarının (viral gastroenterit) ortaya çıkmasında rol oynar .
