Bireysel koruma önlemlerine ve taşıyıcının çevresel kontrolüne ek olarak, aşılama ile Japon ensefaliti önlenebilir.
ABD'de FDA (Gıda ve İlaç İdaresi) tarafından zaten onaylanmış ve EMEA (Avrupa İlaç Ajansı) tarafından yetkilendirilmiş olan Ixiaro aşısı, ikinci dozda 2 dozda, kas içi olarak deltoid bölgede (üst kol), ikincil ilkinden 4 hafta sonra aşılanır. İyi aktif immünizasyon için aşılama döngüsü, ensefalit virüsü ile olası temastan en az bir hafta önce tamamlanmalıdır.
Japon ensefalit aşısı, endemik bölgelerde uzun süre açık havada kalan yolcular için, enfeksiyon bulaşmasının daha muhtemel olduğu mevsimde önerilir; Ancak, 18 yaşın altındaki, hamile ve emzikli bireyler için endike değildir.
