Marburg virüsünün tam kökeni hala bilinmemektedir. Şu anda, sorumlu olduğu hastalığın Afrika kıtasına özgü bir veya daha fazla hayvan tarafından tutulan bir zoonoz olabileceğine inanılmaktadır. Bununla birlikte, bugüne kadar yapılan araştırmalar, birçok omurgalı ve eklembacaklı hayvanın analiz edilmesine rağmen, hastalığın doğal rezervini tanımlayamadı.
Dünya Sağlık Örgütü'ne göre, insanlar virüsün doğal döngüsünün bir parçası değildir, bu nedenle enfeksiyon temel olarak başka bir enfekte primat ile geçici temastan kaynaklanır. Aslında, aktarma, muhtemelen Marburg virüsü için "konukları büyütmek" görevi gören bazı maymun türleri aracılığıyla belgelenmiştir. Ayrıca, bazı kanıtlar primatların yarasalara maruz kalmanın enfekte olabileceğini göstermektedir.
